La historia de Yara se remonta a los inicios de la conquista y colonización de Cuba. Uno de los primeros hechos conocidos en este territorio fue la detención y suplicio del valeroso Cacique Hatuey el 2 de febrero de 1512, primer ajusticiamiento oficial en la Isla, hecho que dio lugar a una de las leyendas más antiguas de Cuba: "La Luz de Yara".

El nombre de Yara es de origen aborigen y no ha sufrido ninguna mutación a lo largo del tiempo. Su grafía ha sido la misma desde el siglo XVI. La población fue fundada por los aborígenes en los valles del río del mismo nombre.